De vuelta al patio central se accede al refectorio, una de las dependencias más cuidadas del monasterio en especial por el suntuoso artesonado que lo cubre, labrado en madera de pino. El refectorio, junto a la sacristía, forman la parte más antigua del monasterio cuya fecha se nos revela en el friso del artesonado: año de 1548.

 La primera fila de casetones alberga treinta y seis bustos, el mismo número de los arcos del claustro, en los que figuran caballeros de la Orden. Preside el emperador Carlos V con corona orbe y cetro, atributos imperiales. En otro casetón cercano aparece la muerte en figura de caballero que hace recordar las Coplas a la muerte de su padre, del poeta Jorge Manrique, ambos enterrados en este monasterio. Pertenecen a la misma época las ventanas que dan luz por la parte oriental.