Hay que retroceder para dirigirnos a la Iglesia a la que se entra por el brazo norte del crucero. La iglesia "por su capacidad y buen gusto arquitectónico es una de las más suntuosas de España". Sorprendente en un primer momento la amplitud del espacio luminoso, la enorme altura de la cúpula con su linterna, la pureza clásica de su arquitectura. La levantó Francisco de Mora que fue el más ilustre discípulo de Juan de Herrera, el del Escorial. Fue terminada en el año 1598.

 En la iglesia hay que destacar el retablo mayor del que se conserva solamente la parte superior y el gran cuadro central con la representación de Santiago Caballero pintado por Francisco Ricci, pintor de cámara de Carlos II, en 1670. El resto es una composición que imita la obra original. La magnífica capilla mayor está separada del resto de la iglesia por una verja de hierro. Las cancelas de las dos puertas exteriores de la iglesia sobresalen una por la primorosa forja de sus hierros y la otra por los bellos relieves esculpidos que representan las virtudes cardinales. La parte alta de la nave se adorna con grandes lienzos que recuerdan las hazañas batalladoras de la Orden. Siempre hay que lamentar que la "injuria de los tiempos" haya privado a esta iglesia y monasterio del riquísimo ajuar con que los sucesivos Maestres y Priores de la Orden la fueron enriqueciendo en sus respectivos mandatos. Así mismo hay que recordar que esta iglesia, sin saber exactamente dónde guarda los restos de aquel preclaro Maestre Don Rodrigo Manrique cuya muerte fue cantada como ninguna otra lo haya sido nunca en las Coplas que su hijo Jorge Manrique le escribió. Ambos, padre e hijo, aquí estuvieron enterrados aunque la construcción de la iglesia removiera las sepulturas y ahora no sepamos dónde definitivamente descansan aquellos llorados huesos.