Los priores de Uclés fueron vitalicios hasta 1502, en que por bula de Alejandro VI pasaron a ser trienales, aunque podían ser reelegidos varias veces. Ellos actuaron siempre como un verdadero prelado en su diócesis, con los mismos derechos y deberes jurisdiccionales que un obispo consagrado y ordinario, usando mitra y báculo en las funciones de pontifical, pudiendo conferir órdenes menores a sus clérigos. (Para las mayores eran éstos enviados, por lo regular, a Cuenca o a Toledo, obispados entre los cuales estaba enclavado el priorato de Uclés.) 

El priorato abarcaba los siguientes lugares: Campo de Criptana, Pedro Muñoz, Socuéllamos y TomeIloso, en la actual provincia civil de Ciudad Real; El Hinojoso de la Orden, Horcajo de Santiago, Mota del Cuervo, Pozo Rubio de Santiago, Santa María de los Llanos, Villamayor de Santiago y Zarza de Tajo, en la actual provincia de Cuenca; y Cabezamesada, Corral de Almaguer, Miguel Esteban, Puebla de Almoradiel, Puebla de don Fadrique, Quintanar de la Orden, Santa Cruz de la Zarza -donde había dos parroquias-, el Toboso y Villanueva de Alcardete, en la de Toledo. Además le pertenecían las aldeas de Torrelengua y Buenamesón. En cambio la villa de Uclés, con sus seis parroquias, era del obispado de Cuenca, aunque junto a ella estuviese precisamente la cabeza del priorato.

   Desde 1794, por bula del papa Pío VI, los priores pasaron a ser consagrados, con la denominación de obispo titular de Tanes, siendo el primero que obtuvo tal dignidad el último de los priores trienales, don Juan Antonio Tamayo, al que sucedieron otros cuatro. En 1873, proclamada la primera república española, fueron suprimidas las órdenes militares y el papa agregó los territorios del priorato de Uclés a las diócesis vecinas, por la bula "Quo gravius". Al año siguiente se restablecen de nuevo con el advenimiento de Alfonso XII, y en 1875 se crea el llamado coto redondo es decir, el obispado-priorato de las órdenes militares, con sede en Ciudad Real, por la bula "Ad apostolicam", por la cual se confirmaba al rey de España en el maestrazgo perpetuo de todas estas órdenes y se declaraba anejo al cargo de prior la dignidad de obispo titular de Dora.

Las grúas, casi permanentes compañeras del monasterio durante los últimos años, reflejan la constante preocupación por corregir los desperfectos producidos en el edificio por el paso del tiempo. Es una restauración lenta y cuidadosa, para hacer que la imagen de Uclés perviva indefinidamente.
 

   El edificio pasó en propiedad al obispado de Cuenca. En 1890 acogió a los jesuitas franceses de la provincia de Marsella, desterrados de su país, los cuales en los pocos años que estuvieron dieron días de esplendor a la casa, puesto que por ella pasaron hombres de categoría intelectual y científica, que en la imprenta aquí instalada publicaron importantes obras.

    Se destinó después el monasterio a colegio de Segunda Enseñanza y más tarde a noviciado y colegio de agustinos, hasta que en 1936 fue saqueado y destrozado interiormente, instalándose luego en él un hospital de sangre. Terminada la Guerra Civil, se dedicó a cárcel para presos políticos y, desaparecida ésta, habiendo sido restaurado, recibe en octubre de 1949 al seminario menor del obispado de Cuenca, con el nombre de Seminario Menor "Santiago Apóstol".