A mediados del siglo XVII se construyó el patio y la escalera principal. El patio tiene doble claustro, alto y bajo, estando el bajo abierto por treinta y seis arcadas de medio punto sostenidas por pilares cuadrangulares. La ornamentación es sencilla, si exceptuamos la clave de cada arco tallada con motivo distinto. El superior está cerrado por balcones. Todo el patio está pavimentado con losas cuadradas de piedra. En el centro hay ten aljibe con brocal barroco, que ostenta a un lado y al otro del arco el escudo real.

La escalera principal, que en su segundo cuerpo se divide en dos brazos, es notable por la estereotomía de las piedras de los arcos que dan acceso al claustro superior. El fronte se enriqueció en el siglo XVIII con un gran cuadro de Antonio González Ruiz, pintor de cámara de Fernando VI, que representa la batalla de Clavijo.

También en el siglo XVII se hizo el retablo mayor de la iglesia, por Francisco García Dardero, y costó 9.500 ducados. Está formado por seis grandes columnas de orden compuesto, sosteniendo una gran comisa, de la que arranca la bóveda de media esfera, dividida en cinco gajos con pinturas que representan la pasión y glorificación del Señor. A los pies hay un templete de orden compuesto, con su pequeña cúpula, que servía de expositor. En los intercolumnios del retablo se hallaban las imágenes de San Agustín, escribiendo la regla, por la cual se regia la Orden, y de San Francisco de Borja, que tomó el hábito santiaguista en este convento. En la parte central un gran cuadro, obra de Francisco Ricci, pintor de cámara de Felipe IV y Carlos II, ejecutado hacia 1670 y en que aparece el Apóstol sobre blanco caballo, derrotando a los moros.
El retablo, juntamente con casi la totalidad de las demás obras de arte, ornamentos y objetos de culto, desapareció en la Guerra Civil del 36. Se salvó, aunque en muy mal estado, el cuadro de Ricci, que actualmente está siendo restaurado, como se explica en otro lugar de esta publicación. (En la restauración del monasterio se puso un retablo de escayola imitación del desaparecido).

A principios del siglo XVIII se reanudan las obras y es cuando se construye la fachada principal y además un nuevo piso sobre el ala oriental, quedando, con las últimas adiciones, el conjunto conventual con ese aire de armonía y robustez que hoy tiene, pues todas las cubiertas de la casa, excepto las de la iglesia, que sobresalen, se elevan a la misma altura y el recinto toma una planta totalmente regular alrededor del patio central.

La fachada principal fue construida en 1735 y se atribuye a Pedro de Ribera, el más grande de los arquitectos del barroco español. Esta fachada es un verdadero retablo de piedra, en el que no se sabe qué admirar más, si las proporciones bellísimas del proyecto o la esmerada ejecución de sus múltiples elementos decorativos. En la terminación se halla un medio cuerpo de Santiago, que levanta en su diestra una espada de hierro, en que se leen caladas las palabras FIDEI DEFENSIO, "Defensa de la fe", mientras en la izquierda lleva la cruz maestral. En la base está inscrita la típica leyenda CAPUT ORDINIS, que no podía faltar a la entrada de este potente edificio, casa madre y cabeza de la Orden de Santiago.